В письме от 29.01.09 № 03-07-11/22 Минфин РФ  указал,  что ранее принятые к вычету суммы НДС по приобретенным основным средствам, списываемым до окончания срока амортизации,  подлежат восстановлению. Суммы налога, подлежащие восстановлению, исчисляются исходя из остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки. При этом на основании пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ суммы НДС, подлежащие восстановлению по вышеуказанным основным средствам, учитываются в составе прочих расходов в соответствии со ст. 264 гл. 25 "Налог на прибыль организаций" Кодекса.